安徽同心智库由省委统战部、省社会主义学院共同建设，在省委统战部、省社会主义学院的领导下开展工作。设立秘书处，执行省委统战部、省社会主义学院的决定和交办事项，负责制定智库年度计划、智库相关制度；编辑《统战咨政》；负责课题管理、智库日常事务、文件起草、组织联络等工作。秘书处设在省社会主义学院教研部，秘书长由教研部主任担任。
省委统战部研究室作为统战部与智库的对口业务处室，负责协调全省统战系统开展研究交流、上报智库成果等工作；协调智库重要对外联络、交流活动。
根据相对稳定与动态开放相结合的原则，分层组建智库研究队伍。从各民主党派省级组织、省委党校（安徽行政学院）、省社会主义学院、省直有关单位、省内有关高校和研究机构中选聘一批有较深理论功底、较高政策水平和较强研究能力的研究员，建立一支相对稳定的特约研究员队伍，作为智库的核心研究力量，
